Berikut adalah misteri-misteri yang belum terungkap dalam Anime Naruto:
- Ini adalah yang misteri yang paling top menurut Cyber4rt, kenapa Kakashi membunuh Ryn ?
- Kenapa Team Taka (Team Sasuke yang sudah berubah nama dari Hebi ke Taka) dan Orochimaru menghidupkan 4 Hokage terdahulu?
- Kemana Sasuke akan berpihak di perang dunia ninja ke-empat ini ?
- Apa yang terjadi pada Kisame sekarang ?
- Apa yang terjadi pada Yamato ?
- Apakah Sasuke akan tetap menghancurkan Konoha ?
- Bagaimna nasib para Kage yang di bunuh oleh Madara ? (menurut Cyber4rt mereka akan di sembuhkan oleh Tsunade)
- Bagaimana cara membunuh Madara ? (Kabuto sudah mati, seharusnya semua orang yang dihidupkan oleh Kabuto dengan Edo Tensai juga mati, tapi Madara melawan Jutsu itu sendiri)
- Akankah Orochimaru akan menyerang Sasuke dengan 4 Hokage tersebut ?
- Seperti apa bentuk Juubi yang sempurna ?
- Siapa yang akan menjadi Jinchuriki Juubi ? (Juubi tidak bisa mati, hanya disegel)
- Seperti apakah Jutsu terkuat dunia Shinobi yang dikatakan Naruto ?
- Dan yang paling special adalah seperti apa Naruto dan kawan-kawan memenangkan peperangan ini ?
Semua akan terjawab seiring berjalannya waktu. Apakah diantara kalian ada yang bisa menjawabnya atau adakah misteri-misteri yang belum terpecahkan versi kalian sendiri ?